Articles

Bank danych o białkach | il kaos dell'ammonite

WWW.RCSB.ORG

plik zewnętrzny, który zawiera zdjęcie, ilustrację itp. Nazwa obiektu to JPP-3-351-g001jpg

współpracownicy badawczy dla strukturalnej Bioinformatics Protein Data Bank (RCBS PDB) rozpoczął w 1970 roku przez grupę młodych krystalografów, w tym Edgar Meyer, Gerson Coheon i Helen m Berman. Projekt został zainicjowany w 1971 roku, aby wymienić struktury wszystkich aminokwasów za pomocą dyfrakcji neutronowej i stał się głównym międzynarodowym zasobem dla biologii strukturalnej zawierającym ponad 80 000 wpisów, w tym białka: 77 529; kwasy nukleinowe: 2420; białka/kompleksy DNA: 3795 i inne: 24 (całkowicie 83 768 wpisów) od wtorku 14 sierpnia 2012 o 17: 00 czasu letniego. Strona podaje również, że w tym dniu było 62987 odsłon struktury i 11915 odsłon ligandu, a PDB ma 24583 cytowań.

główną funkcją tej bazy danych jest organizowanie 3-D danych strukturalnych dużych cząsteczek biologicznych, w tym białek i kwasów nukleinowych wszystkich organizmów, w tym bakterii, drożdży, roślin, much, innych zwierząt i ludzi. Trójwymiarowe struktury danych biologicznych makrocząsteczek dostępnych w PDB określa się metodami eksperymentalnymi, takimi jak krystalografia rentgenowska, Spektroskopia jądrowego rezonansu magnetycznego (NMR), mikroskopia elektronowa.

dane są swobodnie dostępne, a cała strona jest utrzymywana i zarządzana przez grupę członków z RCBS: Rutgers i UCSD, i jest finansowany przez NSF, NIGMS, DOE, NLM, NCI, MINDS I NIDDK. Grupy Rcbs-Rutgers i Rcbs-UCSD znajdują się w Wydziale Chemii i biologii chemicznej, Biomaps Institute for Quantitative Biology w Rutgers, New Jersey i San Diego Supercomputer Centre (SDSC), Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences (SSPPS) na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego (UCSD), odpowiednio. Strona RCBS PDB wymagała nowoczesnej przeglądarki internetowej z włączoną obsługą JavaScript i plików cookie. Ta strona może być używana przy użyciu systemów operacyjnych Windows, Apple Mac i Linux, a także na stronie z obsługą urządzeń mobilnych.

strona internetowa może być łatwo wyszukiwana pod kątem struktury białka 3D w oparciu o różne opcje wyszukiwania, które mogą być ograniczone przez autorów, makrocząsteczki, sekwencję i ligand. Opcja wyszukiwania we wszystkich kategoriach zawiera informacje pod nazwą cząsteczki, domenami strukturalnymi i terminami ontologicznymi. Wybrany wymagany plik ma numer identyfikacyjny PDB i nazwę makrocząsteczki z datą wydania, Nazwa autorów, klasyfikacja białek i instrument używany do określenia struktury 3-D I cytowania. Wybrane / przeszukiwane makrocząsteczki można pobrać (pobierz plik PDB), wyświetlić (zobacz plik PDB) i wyświetlić jako plik 3-D (widok w 3-D z Jmol). Format pliku wygenerowany z bazy danych był początkowo w formacie PDB, które mogą być przeglądane za pomocą jednego z programów komputerowych open source, takich jak MeshLab, Jmol, QuteMol, ACD/ChemSketch freeware i licencjonowane oprogramowanie, takie jak Chimera, MDL Chime, Pymol, Swiss-PDB viewer, itp. Pod koniec 2000 roku PDB wydało słownik wymiany PDB i plik danych archiwalnych PDB w formacie XML o nazwie PDBML.

na stronie znajdują się również materiały edukacyjne do badania biologii strukturalnej o nazwie PDB-101. Ta sekcja wybiera cząsteczkę miesiąca i podkreśla ją.Pytania można zadawać w dowolnym momencie w witrynie PDB, logując się na swoje bezpłatne zarejestrowane konto. Archiwum PDB jest aktualizowane co tydzień w środę (00: 00 UTC) o nowe i zmodyfikowane wpisy oraz aktualizacje.

PDB ma również sekcję o nazwie „Deposition”, która ma wbudowaną opcję depozycji struktur. Tutaj można przesłać dane makromolekularne (dane z mikroskopii elektronowej/ rentgenowskiej/ NMR polipeptydów, polinukleotydów i polisacharydów). Przesłany plik jest sprawdzany i udostępniany zgodnie z zasadami wydawcy. Z opcji „Narzędzia” możliwe jest bezpośrednie pobranie makrocząsteczek białkowych w dowolnym formacie PDB, mmCIF,PDBXL / XML, współczynnikach struktury, ograniczeniach NMR i zestawach biologicznych poprzez wprowadzenie identyfikatorów PDB. Opcja narzędzia posiada również „rcbs PDB protein comparison tool” do obliczania par sekwencji lub wyrównania struktury oraz „rcbs PDB widgets” zasób dla programistów internetowych.

PDB we wspólnym programie „Integracja struktury z funkcją, taksonomią i sekwencją” (SIFTS) (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) I Uniport ma na celu zapewnienie aktualnego zasobu do mapowania poziomu pozostałości. SIFTS jest miarodajnym źródłem adnotacji na poziomie pozostałości struktur w danych PDB dostępnych w Uniport, IntEnz, CATH, SCOP, GO, InterPro, Pfam i PubMed.

RCBS PDB i inne organizacje, takie jak bank danych białka w Europie (PDBe; link do strony: www.ebi.ac.uk/pdbe/), Protein Data Bank Japan (PDBj; link: www.pdbj.org/) i bank danych biologicznego rezonansu magnetycznego (BMRB; link do strony internetowej: http://www.bmrb.wisc.edu/), USA wspólnie pracują nad światowym Bankiem danych o białkach (wwPDB; link do strony internetowej: www.wwpdb.org/) w ramach wspólnego wysiłku od 2003 roku. RCBS PDB i PDBj działają obecnie jako centrum archiwalne wwPDB . Misją wwPDB jest utrzymywanie pojedynczego archiwum PDB z makrocząsteczkowymi danymi strukturalnymi, które jest swobodnie i publicznie dostępne dla globalnej społeczności.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.